Die 1300 geweihte Riddarholm-Kirche ist die älteste der Stadt. Sie gehörte zu einem 1270 gegründeten Franziskanerkloster und war eine Stiftung König Magnus Ladulas, der hier 1290 beerdigt wurde. Dessen Vater, Birger Jarl, soll die Stadt um 1250 gegründet haben. Zwischen 1634 und 1950 wurde in dieser Kirche jeder königliche Leichnam bestattet.
1527, während der Regierung von König Gustav Vasa, setzte sich die Reformation in Schweden durch. Der Hof ließ das Kloster enteignen und Verteidigungswälle bauen, die heute noch im unteren Teil des Birger-Jarls-Turms und beim Südturm des Wrangelska-Palastes zu sehen sind.
Im 17. Jahrhundert stieg Schweden zur Großmacht auf. Stockholms städtisches Umland wurde modernisiert, die Krone vergab Land an den Hochadel, der zwischen 1630 und 1640 Paläste im Stil der italienischen Renaissance errichten ließ. Die führenden Architekten des Barock hießen Jean de Vallée und Nicodemus Tessin der Ältere, die auch den Wrangelska-Palast planten, der nach dem Schlossbrand 1697 für 57 Jahre als königlicher Palast herhalten musste.
Im 18. Jahrhundert übernahm die Krone die Paläste von den überschuldeten Adeligen als staatliche Verwaltungs- und Gerichtsgebäude. Bis 1950 war Riddarholmen die Pforte zur Beschiffung des Mälarensees.