Die heute profanierte Synagoge wurde Mitte des 19. Jahrhunderts als jüngstes jüdisches Gotteshaus Prags im maurischen Stil an Stelle der ältesten – nicht mehr erhaltenen Synagoge Prags – der 1867 abgerissenen Altschul nach Plänen des Architekten Ignaz Ullmann erbaut. Das Interieur konzipierte Josef Niklas, Antonin Baum und Bedřich Münzberger verliehen ihr den reichen, ornamentalen Schmuck.

Als Lager missbraucht
Die deutschen Besatzer untersagten ab 1941 den Gottesdienst und missbrauchten das Gebäude als Lager für Gegenstände aus enteignetem jüdischen Besitz. Ab 1955 wurde die Synagoge vom Jüdischen Museum verwaltet. 1994 wurde sie der jüdischen Gemeinde zurückerstattet und umfassend restauriert. Heute ist hier eine ständige Ausstellung über neuere jüdische Geschichte in Böhmen und Mähren zu sehen.